01.準備報關材料(合同、發票、裝箱單、提運單)；
02.填寫報關手寫草單。根據報關資料填寫報關單；
03.打印報關復核表。根據草單，報關公司在QP系統上輸入數據，打印報關復核單；
04.發送數據。報關公司經營者核對報關材料和復核單后，將報關單數據發送至電子港；
05.收到數據回執。海關審計中心收到數據，初審無誤后，發送數據回執；
06.打印報關單。報關銀行收到數據收據后，說明海關接受申報，然后在QP系統上打印一式三聯(海關核銷聯、海關運營聯、企業保留聯)；
07.訂購報關單。報關人員確認后，在報關單上簽字蓋章，并附上海關要求的信息；
08.現場遞單申報。取訂報關單，向現場海關遞單申報；
09.審單。現場海關審核無誤后，接受申報；
10.征稅。進口貨物達到征稅金額的，海關將向報關人員出具稅單；
11.納稅。企業按稅單向指定銀行賬戶納稅，銀行在稅單上加蓋收據印章（開通網上支付的企業可網上支付）；
12.稅單核銷。現場海關按銀行蓋章核銷稅單；
13.選擇檢查。人工控制-現場海關根據貨物的風險值選擇是否檢查貨物（如果是電腦控制，必須檢查貨物）；
14.放行。海關將檢驗貨物或未經檢驗的貨物放行；
15.提取海關放行后的貨物；
16.結關。海關結關上述報關單的貨物，報關行打印進口付匯證明。
7.出口報關流程。
01.簽訂合同。出口商與外商簽訂出口合同，確定出口貨物；
02.聯系貨代。出口商聯系運輸公司；
03.訂艙裝運。貨運代理負責按出口商要求安排拖車、訂艙、報關、裝船等手續；
04.準備材料。出口商在貨物運輸前（或途中）提供報關材料（出口合同、發票、箱單、報關委托書、國家海關監督出口所需證書等）。無進出口權的出口商可以通過貿易公司出口；
05.正式申報。貨物到達指定出口口岸，進入碼頭堆場大門時，由港口海關監管。計算機將記錄集裝箱的進入時間、柜號、密封號、堆場位置等信息，并通過與海關計算機的聯網監控海關計算機，開始正式向海關申報出口：
報關公司通過網絡電腦輸入船名、航次、柜號、訂艙號、出口單位名稱、收貨人名稱、貨物名稱、件數、毛重等信息。
船代收到數據并經批準后，自動將數據傳輸到海關電腦；
海關電腦收到信息后也會自動通過，因此上述信息由報關公司根據客戶提供的內容進行審核；
海關電腦通過后，打印在空白裝船單上。報關公司通過海關允許的輸入公司，正式向海關報關電腦系統申報出口裝船單上的內容（主要是16位數的運輸工具號和10位數的運輸單號）；
海關報關系統收到后，由審計中心處理各港口傳輸的報關數據。絕大多數出口貨物由計算機自動審核。只要送到審計中心，就會自動通過。報關公司必須在發送前嚴格審核申請材料，與客戶提供的內容完全一致；
審核通過后，打印出口報關單，連同報關材料，報關員簽字，報關公司蓋章，送到現場海關；
首先，將訂單交給綜合部門。綜合部門在計算機上確認訂單。需要征稅的貨物轉移給稅務組。一般貨物轉移給風險管理部門。風險管理部門認為，需要檢驗的貨物應由計算機控制。未經檢驗的貨物應直接放行，并轉移給加蓋海關印章的放行組，然后出具給報關行；
報關行將放行條交給碼頭確認海關是否放行，確認后加蓋碼頭確認章，然后報關行將放行條交給船舶代理公司，船舶代理公司根據放行條裝船出口；
船離開港口后，船舶代理機構將向海關報關計算機系統發送船舶實際裝載的艙單信息。報關計算機系統與艙單信息一致后，可向海關申請打印出口外匯核銷聯和退稅聯。